Der Ort Nienhagen wurde nach unseren Kenntnissen erstmals im Jahre 1193 erwähnt. Im laufe der Zeit wechselte dieser zunächst "Niggenhagen" heißende Ort entsprechend den allgemeinen Sprachwandlungen des öfteren seinen Namen. Historisch ist der Ort noch nicht allzu weit durchforscht. Und doch kann man einiges aus der Geschichte vergleichbarer Hagenhufendörfer erfahren. Der Ende des 13. Jahrhunderts regierende Landesherr Graf Simon I. wollte nicht, dass die ohne Hoferbe ausgehende Bauersöhne, wie Hunderte anderer, in das Baltikum abwanderten. Er versprach ihnen jeweils eine Hufe Land in der Nähe eines Fluss- oder Bachlaufs. Diese "wohnungsnahe" Wasserversorgung war damals lebensnotwendig. Diese neuen Bauern durften Wald roden und konnten so ihre Familien ausreichend ernähren. Auf diese Weise entstand das Dorf Nienhagen, wie auch viele andere Orte in der Umgebung. Die Höfe wurden nach Simons Bauplänen, wie auf einer Schnur gezogen, entlang der Werre und aus Schutz vor Hochwasser fast allesamt auf felsigen Anhöhen erbaut. Aus der nebeneinander liegenden Anordnung der eingehegten Felder hinter den Gehöften erhielt das Dorf die Bezeichnung "Hagenhufendorf".

Die hier entstandene Form der 1 - 2 km langen und 200 m breiten handtuchartigen Streifen Land ist auch heute noch gut zu erkennen. Ausschlaggebend hierfür war über Jahrhunderte hinweg das sogenannte "Anerbenrecht", das Recht, dass nur ein Nachfahre den gesamten Hof erbte. Selbst durch die Wirren des 30-jährigen Krieges, durch einige nicht in der Gesamtheit verkaufte Höfe, wie auch durch Auswanderung ergaben sich keine grundlegenden Änderungen.

Obwohl in Nienhagen nie eine Kirche stand, spielte der Ort über die Jahrhunderte eine besondere Rolle auf Grund der mit der Bezeichnung "Hagenhufendorf" verbundenen Rechte. Auch das Schulwesen barg aus heutiger Sicht etwas Besonderes; denn ab 1816 gab es hier eine Schule, die nicht nur von den Einheimischen, sondern bis 1909 auch von den Kindern aus den benachbarten Dörfern Orbke und Pivitsheide VH. besucht wurden.

Im Laufe der letzten Jahrzehnte sind zwar zwei Siedlungen entstanden und die Bewirtschaftung der meisten Höfe eingestellt worden, doch hat dieses nichts daran geändert, dass Nienhagen nach wie vor ein ländlicher Vorort der Stadt Detmold ist und mittelfristig wohl auch bleiben wird. Im ungünstigsten Fall droht im Osten die Anbindung durch expandierende Industrieansiedlungen.